潞河中学设立中国共产党北京市通州区潞河中学委员会，全面领导学校工作，发挥把方向、管大局、做决策、抓班子、带队伍、保落实的领导职责，支持校长依法独立负责行使职权，保障学校各项工作的顺利进行。
学校设党委书记1人，主持党委全面工作，委员共7人，委员按照干部管理权限和基层党组织选举有关规定产生，每届任期3年。校长1人，在学校党委领导下，全面负责教育教学和行政管理工作，并承担主要行政责任和相应法律责任，目前学校实行书记、校长“一肩挑”。学校校长、副校长由上级党(工)委按照干部管理权限选聘。
潞河中学行政管理部门设立党务办公室、行政办公室、教学处、学生处、总务处、科研处、内地新疆班工作办公室及学校团委。各职能部门负责人实行聘任制，由学校党委按照干部管理相关规定聘任。
